当本仁约翰以为神遗忘他的时候，神并没有离弃他。

有一次，他掉进水沟中，几乎淹死，结果逃过大难。又有一次，他跌入家乡爱尔斯多（Elstow）的河中，也几乎被淹没，然而慈爱的神，怜悯了他，把他从死亡之中救出来。

又有一次，他与几位朋友结伴到近郊游行，有一条毒蛇跑出来，他把蛇捉住，又用手探入毒蛇的口，拔掉蛇的毒牙，只要有一点疏忽，他便会染毒身亡。

这一切，都是神的保守。神的怜悯，使他的生命仍存留下来，至终他被神使用。

一六四二年，英国陷入内战之中。奥利弗·克伦威尔（O1iver Cromwell）统率支持国会的军队，对抗英王查理士一世（King Charles）亲率的保皇党军队。备受丧母之痛的本仁约翰，于一六四四年十一月正式参军，加入拥护国会的军队，过兵丁的纪律生活。他隶属的那一支军队，驻守在新港·巴奈（Newport Pagnell），归塞缪尔·路加爵士（Sir Samuel Luke）指挥。

在内战时，又有一件事，让他看到神的恩典，而令他毕生感谢神。

有一次，他将要动身到前线去打仗，有一位战友愿意替他上阵。结果那位战士因站在前线，正好被炮弹所击中，当场阵亡。本仁约翰说：“是的，这人实在是为我舍命了。”

服了三年的兵役之后，本仁约翰回到家乡爱尔斯多，这时他已年满十九岁。

直到那时候，本仁约翰仍然对自己得救赎问题，漠不关心。神的审判、神的怜悯，两样都不能促使他有向义之心，他仍然落在罪恶之中，更严重地顶撞神。

就在这样的光景之中，本仁约翰娶了玛丽（Mary Bunyan）为妻。玛丽非常贤淑，她的父亲是位敬虔的基督徒。她和本仁约翰一样，出身寒门，她父亲逝世时，留给她两本属灵的书籍。一本是伯利主教（Bishop Lewis Bayly）写的《敬虔的实行》（The Practice of Piety），另一本是邓特（Arthur Dent）写的《平常人到天堂的快捷方式》（The Plain Man’s Pathway to Heaven）．

本仁约翰夫妇一有机会时，就一同阅读那两本书。本仁自己读了感到有兴趣，不过他还没有达到认罪、悔改的地步，底下是本仁约翰的忆述：

“这二本属灵的书籍确实影响我，使我对于信仰开始重视，我就随妻子到礼拜堂，每天二次，坐在最前排，不管是说话或唱诗，我都表现得十分敬虔，实际上我在日常生活中，仍然陷在罪中，并没有真正悔改。”

主日，本仁约翰又到礼拜堂，那天是豪尔牧师（Christopher hall）讲道。那天豪尔牧师讲的，是主日的需要与不守主日的害处。平时本仁约翰根本不关心主日应否遵守的问题，那天他良心发现，痛悔已往经常在主日犯罪得罪神，他听完道回家时心情沉重，如负重担。

有一天，本仁约翰正在玩拍毽子的游戏时，似乎听见天上有声音对他说，“你愿意离奔你的罪，进入天堂呢？或是你仍旧犯罪，而进入地狱呢？”

本仁约翰回忆当时的反应，说：“那时，我是极其的纷乱，马上停止了游戏，抬头望着天空，似乎看见主耶稣正注视我，主耶稣不喜悦我的恶行，正要施行严厉的审判。我心里断定自己是一个严重的大罪人，拖延到现在，已经太迟了，没有什么希望了，我想，主耶稣不会赦免我，必不赦免我的过犯。我心里一直钻牛角尖，越想越灰心。我又想，既然觉得自己没有希望，不如再去犯罪。既然犯少数罪要受刑罚，多犯也是一样的，于是我重新犯罪，继续胡作非为。”

“我就如此活在罪恶之中，竭力追求在罪中的快乐。有一天，我站在邻舍的店铺外，像疯子一样地大声咒骂。店里有一位妇人，听见我怒骂的声音，向我提出抗议。她说我咒骂的恶毒的程度，令她战栗。她又对我说她毕生没有听见一个人这样邪恶，她说我这样骂人，会败坏全镇的青年人，谁和我来往，谁就会给我带坏”

这妇人对本仁约翰的责备，使他心里惭愧，并使他在神面前，抬不起头来。他真希望能再次回到儿童的时代，让他父亲再次教导他，不再以这样邪恶的、下流的语调去咒骂人。从此，他的行为改变了不少，也肯谨守神的诫命；有时犯了诫命，就受良心谴责，马上向神认罪。