本仁约翰的父亲多马·本仁（Thomas Bonnion Junr）于一六二七年五月二十三日与继室玛嘉烈·本丽（Margaret Bentley）结婚，多马·本仁的元配安娜（Ann Pinney）没有生下孩子，但是玛嘉烈于翌年—— 一六二八年十一月——生下了一个男孩，即本仁约翰。

本仁这个家族在爱尔斯多（Elstow）这村落已定居了数百年。爱尔斯多并没有幽美的景色，唯有一片的废墟和遗迹，足以吸引考古学家来发掘古代的文物。

本仁的家族原是富有的，但是后来家道逐步衰落，从地主，变成小客栈主，再降为酿酒店主，最后到了本仁约翰的父亲，已沦为一个修补锅子的匠人。

本仁约翰受过多少的小学教育，至今仍是一个历史的谜，由于他在自传中并无详细述及，无人可以说出他在学校呆有多久，以及如何在学校度过。但有一样是肯定的，是他所学的实在有限。

对于他的童年生活，本仁约翰曾经这样自述：

“有许多人知道我出身于一个贫穷家庭。我的父亲属于社会的低下层，向来为人所轻看，我不须用一些冠冕堂皇的话来抬高自己的身份。神实在赐给我丰盛的恩典。我虽然出身于平民之家，神仍然恩待我，叫我得着基督耶稣的生命。”

“即使我出身寒微，神仍是感动了我的父母，叫他们关心我的教育，送我入学，让我有机会读书识字。不过，那时我太不长进了，读的书，学到的一切，都还给老师了，忘得一干二净。只是等到时间满足，因着神的恩典，我才发奋读书。成为今日的光景。”

“在我未蒙恩以前，我少年时的光景是不堪回首的，我的行为如同那叛逆之子一般，照着魔鬼的意念行事，心里面充满了一切的不义，口中充满着谎言、咒骂，亵渎了神的名。那时我又害怕世界末日的审判，想到自己是个罪人，审判不会有好结果，难逃地狱的火。”

“这种可怕的心思常在我童年时存着，那时我才不过九岁或十岁。我一想到将来的审判，就心里不平安。”

一六四四年，本仁约翰的母亲玛嘉烈忽然得了热病。在那年代，许多人曾因热病逝世。本仁约翰想，这么一个家，怎能没有母亲打理一切。他现在才知道有一位母亲是多么宝贝、多么珍贵。本仁约翰于是跪下来，为母亲的康复向神祈求。有一天她母亲似乎好转，能坐起来啜饮清汤，但第二天，她母亲就全身僵硬、冰冷，原来她死了。本仁约翰心里忧伤，觉得神没有垂听他的祷告。另一方面，他的头脑虽然萦绕着将来神的审判，却继续放荡不羁，仍然活在罪里。