一六六○年十一月十二日，大约有四十名基督徒聚集在培得福以南十三英里的下森西尔（Lower Samsell），他们都赶来听本仁约翰讲道。

在聚会前，已经有人警告本仁约翰，说聚会的场所已经暗中受到监视，因为查理士二世已经越来越倚重英国国教的宗教势力，逐步取缔英国国教之外的聚会。

面临着被捕的危险，本仁约翰并没有取消聚会，他站在讲台上说：“不会，我不会取消聚会。我不愿意逃走，亦不愿意为了官府要拘捕我而临时取消这个聚会。来吧，让我们欢欢喜喜地来聚会敬拜神，不要因为有人恐吓我们就表示屈服。传扬神的话语，是一项非常有价值的工作。倘若我们因为传扬神的话而遭受逼迫，我们将来必定会得着大的赏赐。”

本仁约翰开始聚会没有多久，一个警察就手持逮捕令，趋前逮捕本仁约翰，把他解到太平绅士（Justice of Peace）威格（Francis Wingate）那里受审。

第二天，十一月十三日审讯正式在哈林顿大楼（Harlington House）开始，威格问本仁约翰，为什么你不守本分，不好好地作一个补锅匠。本仁约翰说，我只是劝说人们悔改认罪，接受主耶稣作他们的救主，这样传福音并不影响我从事补锅匠的行业。

威格又问本仁约翰，你知不知道在英国国教之外讲道是犯法的。本仁约翰答说，这种说法本身就是不合法和违反圣经的教训的。

饱学的威格竟然无法驳倒一位以圣经为根据的补锅匠本仁约翰，实在是自贬身份。威格无法可施，只能叫本仁约翰找保证人担保外出。

当本仁约翰的朋友们正在为本仁约翰办理担保手续时，恼羞成怒的威格突然对本仁约翰的朋友们训斥：“你们要保证这个人不再讲道，如果他胆敢讲道，你们的保证书将要作废。”这时刻本仁约翰挺身作答，我不会停止传扬神的话语，我要继续安慰和辅导神的儿女。因为本仁约翰不肯答应以后不再讲道，因此本仁约翰被判入监七星期。

一六六一年一月，本仁约翰被柙到贺恩礼堂（Herne Chape1）继续审讯。会审的法官有：苏林爵士（Sir John Kelynge）、彻斯特爵士（Sir Henry Chester）、勃兰德尔爵士（Sir George Blundell）、毕彻爵士（Sir William Beecher）和史纳格先生（Mr．Thomas Snagg）。这些会审的人物都是当年法律界有头有面的显赫人物。

审讯还未开始，外头已经议论纷纷说，这五个法官都是仗势欺人的保皇党，而主审法官格林爵士不久前在伦敦连同其它数字法官会审时，曾把十位克伦威尔的党徒判处死刑。

主审法官格林爵士首先问本仁约翰，有没有前往英国的国教的教堂作礼拜，本仁约翰说没有。主审法官问本仁约翰原因何在。本仁约翰答说，我从神的话语中，找不出这样的教训。

主审法官就说，但是神有吩咐我们要祷告，本仁约翰答说，但是神并没有说，我们要用英国国教的《公祷文》（Common Prayer Book）祷告。主审法官就问本仁约翰，不以公祷文祷告，那么根据什么祷告？本仁约翰答说，神要我们以灵和诚实祷告。本仁约翰接者说，《公祷文》这本书是人编写的，并不是圣灵在我们心里引导的祷告。神的话是说，你们要以灵和诚实祷告，并没有说要用英国国教的《公祷文》祷告。

其它法官静听主审法官的审讯，心中不得不暗暗佩服本仁约翰的智慧和口才，而主审法官因为理亏词穷。

内中有一个法官问本仁约翰说，你是一个补锅匠，你大胆地在英国国教的体制外讲道，是谁赋与你这样的权柄。本仁约翰答说，根据神的话语，彼得前书四章十至十一节：“各人要照所得的恩赐彼此服事，作神百般恩赐的好管家。若有讲道的，要按着神的圣言讲。若有服事人的，要接着神所赐的力量服事，叫神在凡事上因耶稣基督得荣耀。原来荣耀权能都是他的，直到永永远远。阿们。”

“等一等！”一位法官突然插嘴说：“我想你是顺口编出这些经文，把圣经拿过来，让我翻阅一下。”

法官们翻阅了经文之后，哑口无言，他们在迫害本仁约翰一事上，一时感到技穷。这时候这些法官们不再认为本仁约翰是一个不值得顾虑的补锅匠，而是大英帝国的危险人物。法官们以仇视的眼光逼视着本仁约翰，他们已是眼露凶光了。

特别是主审法官格林爵士，是英王查理一世的拥护者，为了支持英国王室，他曾被关在温莎城堡（Windsor Castle）长达十八年。如今查理二世恢复王位，格林爵士有责任维护王室和英国国教的体制和尊严。这期间英国各地的独立教派、长老会信徒、贵格会信徒陆续有人被投入监狱里。

五个法官经过了短时间的密斟，作出了宣判，即将本仁约翰继续监禁三个月。三个月后，倘若本仁约翰还不肯到英国国教的礼拜堂作礼拜，而又不肯放弃他的讲道工作，他就要被驱逐出境。而倘若他未被英国国王特许而在被驱逐后仍逗留在英国境内，他就要受绞刑处死。

本仁约翰被判继续坐监之后，他的妻子伊莉沙伯，眼泪汪汪，那些到法庭旁听的培得福教会的弟兄姊妹，送她回家休息。本仁约翰的大女儿失明的小玛丽，和弟弟妹妹，从继母伊利沙伯口中，听到父亲本仁约翰为主的缘故，竟在一个声称基督教国家的英国，因不肯参加国教教堂的礼拜，及对信徒讲道，竟要不断地在监狱中受到残酷的迫害。全家大小，不禁拥抱，痛哭不已。

伊利沙伯嫁给本仁约翰时，已经作好思想准备，要与丈夫本仁约翰，同甘共苦，相依为命。她的性格坚强，有果断力。她既然亲眼看到英国法庭的不公正、腐败，和践踏人权，就愤愤不平，就想四处奔跑去营救自己的丈夫。

她来到伦敦的英国国会的大厦，想向国会的议员陈述丈夫本仁约翰的冤情，但是国会有人向她说，英国有世界最完善的制度，即行政和司法分开，为了维护司法的独立，劝喻她遵循司法的途径。

一六六一年四月二十三日，查理士二世为了他登基为英王，正式举行了隆重的加冕典礼。查理士二世为了粉饰太平，把自己装扮成一位仁君，特赦了许多危害社会安宁的重罪犯，英王的目的是要赢得国民的支持，向国民展示英王陛下的宽宏大量。

本仁约翰本来被判为坐满三个月监狱就要被驱逐离开英国国境，如今他虽然没有像其它重罪犯一样得到大赦，至少驱逐令可以暂缓执行，本仁约翰并获机会可以申请大赦。

但是英国的宗教迫害非常残酷，许多社会上罪大恶极的人反而可以获得大赦，但是一位忠心爱主的传道人，竟因讲道给信徒听，却被褫夺了大赦的可能。

伊利莎伯眼巴巴地看到成千上万的罪犯重获自由，而自己的丈夫本仁约翰出狱无望，她觉得不公平，她只能寄望一六六一年八月间巡回裁判所（Assizes）到培得福时，在重审后推翻前判，她决定想办法援救丈夫。

到了八月间，伊利沙伯打听到，裁判所有一位法官，叫赫尔爵士（Sir Mathew Hale）。赫尔爵士是一位被人称誉的法官，为人正直、公平，并富同情心。

一六六一年八月，伊利沙伯前往培得福的天鹅旅馆（swan Inn），那里住着巡回裁判所的四位法官。他们这次到培得福，是处理前一次巡回裁判所积压下来的案件。伊利沙伯亲自会晤了赫尔爵士，他很同情伊利沙伯的处境，愿意亲自查阅本仁约翰的冤案。

或许伊利沙伯爱夫心切，有点操之过急，有一天，当赫尔爵士和另一位斐士顿法官（Judge Twisdon）乘马车回天鹅旅馆时，伊利沙伯截道把申诉书投入马车内，她的作法，触怒了斐士顿法官。斐士顿法官抓起申诉书，愤怒地宣称本仁约翰将无望获得自由，又说本仁约翰已被定罪，除非本仁约翰保证不在外头讲道，否则裁判所不会释放本仁约翰。

另一项对本仁约翰不利的是，四位法官之中，有一位彻斯特法官（henry Chester），他是第一个经手本仁约翰案件的威格法官（Franis Wingate）的舅舅。而彻斯特法官本人又是上次宣判本仁约翰有罪的五位法官中的一位。他一听到伊利沙伯说本仁约翰是无辜的，上次的判决是不合法的，必须为案件翻案，也就震怒不已，坚称上次定罪本仁约翰是依法办事。

伊利沙伯眼看申诉无望，只好用自己的悲惨处境换取赫尔爵士的同情。她说，法官大人，我有四个儿女要照顾，内中一个失明，他们需要父亲外出谋生，来照顾一家人的生计。赫尔爵士望着年方二十岁的伊利沙伯说，你这么年青，怎能生出四个孩子？伊利沙伯答说，我是四个孩子的继母。赫尔爵士又听到伊利沙伯自己新近有一个孩子小产，对伊利沙伯顿生了怜悯之心，可是，在其它法官的强烈反对下，赫尔爵士实在无法向伊利沙伯提供任何的帮助。