在梅校长离开清华不久，代表清华本质的独立思想、自由精神、文理汇通、中西融合等核心元素都遭受了颠覆性的打击。

1952 年清华的人文学科被整体截肢，清华效法苏联体制, 成为纯理工大学，从培养文理汇通人才的学府演化为“培养工程师的摇篮”。清华也因着意识形态的突变而断绝了与西方的学术联系。甚至连阅读外文资料都会被当作“走白专道路”而受批判。连续的政治运动 (如四清、反右等) 把清华的自由思想和独立精神扫荡殆尽。

清华汽车系校友杨继绳回忆：“1960年我考上了北京清华大学。一进学校，就参观清华大学反右派展览，进行忠诚教育。接着下乡劳动五十多天，一方面接受劳动教育，一方面开展保卫‘三面红旗’的辩论。虽然我们饥肠轆轆，但不怀疑 ‘三面红旗’。清华大学历来有很多名教授，但我们只是从毛泽东的著作中知道闻一多和朱自清，不知道陈寅恪，不知道吴宓。清华大学图书馆藏书很多，但我们能借到的书，除了工程技术书籍以外，只有与共产主义有关的书。” 

在反右运动之后，思想的严冬降临清华，极左思潮独霸言论和思想空间，持有不同意见的老师学生们只有噤若寒蝉。

1977年，文革终于结束，高考恢复，清华重新正式招生。80年代初，随着意识形态的松动和中美建交，清华又开始向海外公派留学生和学者。随后，自费出国留学的清华学生人数也开始迅速增长。更多的清华教授赴国外留学或访学。中断了近半个世纪的中西交流又复苏了。清华也重建了人文学科，以期重振当年文理汇通的盛况。很多学子不仅在清华和海外学习理工、人文知识，也象唐国安、梅贻琦校长当年一样，感受神的大爱和接受天启的真理。